Μετά από μακρές και δύσκολες συζητήσεις στην Κέρκυρα οι αντιπρόσωποι της Αυτόνομης Πολιτείας και τα μέλη της Διεθνούς Επιτροπής Ελέγχου κατέληξαν στο οριστικό κείμενο των διατάξεων του Πρωτοκόλλου. Για να έχει όμως το κείμενο αυτό το απαιτούμενο κύρος έπρεπε να γίνει αποδεκτό από την αλβανική κυβέρνηση και τους Βορειοηπειρώτες – γιατί οι αντιπρόσωποι τους Γ. Ζωγράφος και Αλ. Καραπάνος είχαν διατυπώσει κατά την υπογραφή τις επιφυλάξεις τους για τη συγκατάθεση των εντολέων τους - και να επικυρωθεί από τις Μεγάλες Δυνάμεις.
Η Ελληνική Κυβέρνηση που διέβλεπε τους κινδύνους που διαγράφονταν στον ορίζοντα, ανέλαβε έντονη δραστηριότητα για την επικύρωση του Πρωτοκόλλου και επιδίωξε στενότερη επαφή με την προσωρινή Κυβέρνηση της Β. Ηπείρου. Ο Ελευθέριος Βενιζέλος παρακινούσε επίμονα τον Γεώργιο Χρ. Ζωγράφο να δεχθεί τη συμφωνία και να μην προβάλει μεγαλύτερες αξιώσεις.
Σε τηλεγράφημα του προς τον Ζωγράφο ο Βενιζέλος τονίζει αυτή την ανάγκη:
«...Προ παντώς φρονώ, ότι δέον αξασφαλίσωμεν κτηθέντα, επιτυγχάνοντες επικύρωσιν συμφωνίας Κερκύρας υπό των Δυνάμεων και της Αλβανίας. Όθεν δέον και δια παντός τρόπου αποφύγωμεν επιμένοντες εις όρους μη γενόμενους εν Κερκύρα δεκτούς. Διατί αν Ηπειρώται σήμερον είτε αποκρούσωσι συμφωνηθέντα είτε προβάλωσι μείζονας αξιώσεις, κίνδυνος υπάρχει διακινδυνεύσωμεν κτηθέντα άνευ πιθανότητος ευρύτερων παραχωρήσεων, ιδίως καθ’ ην στιγμήν Δυνάμεις δεν έχουσι το μέσον ουδέ το χρόνον ν’ ασχοληθώσι με νέας διαπραγματεύσεις. Σήμερον ανάγκη αποφύγωμεν δώσωμεν επιχειρήματα εις Δυνάμειςτυχόν επεμβάσεως. Μεγάλες Δυνάμεις φαίνονται ευνοϊκώς διατιθέμεναι υπέρ επικυρώσεως συμφώνου Κερκύρας...»
Παρά τις επίμονες συστάσεις της Ελληνικής Κυβέρνησης για τη συντομότερη επικύρωση του Πρωτοκόλλου, η προσωρινή Κυβέρνηση της Αυτόνομης Βορείου Ηπείρου αντιδρούσε επειδή στη συμφωνία γινόταν λόγος για δύο μεσημβρινές επαρχίες και όχι για τη Β. Ήπειρο ως ενιαίο ηπειρωτικό χώρο. Γενικά όμως και οι άλλες διατάξεις έκαναν προβληματική την κύρωση της. Ο βασικότερος όμως λόγος ήταν ότι ο Ζωγράφος ήθελε οι Μ. Δυνάμεις όχι μόνον να εγκρίνουν αλλά και να εγγυηθούν την εκτέλεση της συμφωνίας.
Η αποδοχή του Πρωτοκόλλου από την Αλβανία στις 10 Ιουνίου και έπειτα η έγκριση του από τις Μ. Δυνάμεις χαιρετίσθηκαν από επίσημους κύκλους της εποχής ως σημαντική ελληνική επιτυχία.
Η γνωστοποίηση της εγκρίσεως προς την Ελληνική Κυβέρνηση σήμαινε ότι οι Μ. Δυνάμεις αναγνώριζαν στην Ελλάδα τα δικαιώματα που είχε στη Β. Ήπειρο. Ιδιαίτερη σημασία είχε ότι στο έγγραφο γινόταν λόγος για πληρεξουσίους Ηπειρωτών και για το μελλοντικό πολίτευμα της Ηπείρου.
Η ανώμαλη κατάσταση όμως που είχε δημιουργηθεί στην Αλβανία δημιουργούσε ανησυχίες. Ο Ζωγράφος αναγκάσθηκε να διαμαρτυρηθεί στη Διεθνή Επιτροπή Ελέγχου για τις παραβιάσεις της ανακωχής από αλβανικής πλευράς, ενώ και ο ίδιος με δυσκολία συγκρατούσε τις αυτονομιακές δυνάμεις.
Στις 15 Ιουνίου οι αλβανικές δυνάμεις του Κουρβελεσίου επιτέθηκαν αιφνιδιαστικά στη μέση κοιλάδα του Δρίνου (στα βόρεια του Βελίτσα ποταμού) εναντίον των Αυτονομιακών. Ύστερα από σκληρό αγώνα η επίθεση αποκρούσθηκε και μέχρι την επομένη οι Αυτονομιακοί είχαν καταλάβει τις διαβάσεις που οδηγούσαν προς το Κουρβελέσι και το Τεπελένι.
Ο Γ. Ζωγράφος μπροστά στις προοπτικές που διανοίγονταν για μια καλύτερη λύση στο Βορειοηπειρωτικό Ζήτημα αισθανόταν και ο ίδιος την ανάγκη να θεωρήσει ότι μετά τις παρασπονδίες των Αλβανών το Πρωτόκολλο της Κέρκυρας ανήκε στην ιστορία. Η Ελληνική Κυβέρνηση όμως και ιδιαίτερα ο Πρωθυπουργός Ελευθέριος Βενιζέλος αγρυπνούσαν και οι πιέσεις για την επικύρωση του Πρωτοκόλλου έγιναν πιο έντονες.
Η Προσωρινή Κυβέρνηση όμως ήταν αναγκασμένη από τος μέχρι τότε διακηρύξεις της, να συγκαλέσει τους αντιπροσώπους των επαρχιών της Βορείου Ηπείρου για να λάβουν αποφάσεις στο ζήτημα της επικυρώσεως ή όχι του Πρωτοκόλλου της Κέρκυρας. Έτσι έδρα της Συντακτικής Συνελεύσεως ορίστηκε το Δέλβινο όπου προσήλθαν οι αντιπρόσωποι οι οποίοι κατά επαρχία ήταν:
- Χιμάρας: Σπύρος Σπυρομήλιος, Δημ. Λέκκας, Νικόλαος Μήλιος
- Αγίων Σαράντα: Ιωάννης Κουρεμένος
- Δελβίνου: Ευάγγελος Γκιάτης, Ευάγγελος Τρίχας, Παναγιώτης Λέζος
- Αργυροκάστρου: Κυριάκος Κυρίτσης, Γεώργιος Τσέλιος, Χαράλαμπος Κάτσης
- Τεπελενίου: Πέτρος Χαρίτος, Βασίλειος Ντίλιος
- Πρεμετής: Ζαχαρίας Αλεξίου, Χαράλαμπος Δονάτος, Γεώργιος Σύγγελος
- Πωγωνίου: Γεώργιος Γκινόπουλος, Παπασπύρος, Δημητριάδης
- Λεσκοβικίου: Βασίλειος Σωτηριάδης, Ηλίας Οικονόμου Ρούσης
- Ερσέκας: Πέτρος Προντήνης, Δημ. Παπαναστασίου
- Κορυτσάς: Ιωσήφ Αδαμίδης, Κωνσταντίνος Σκενδέρης, Μητροπολίτης Κορυτσάς Γερμανός, Κωνσταντίνος Πολένας και 5 άλλοι αντιπρόσωποι επαρχιών της περιοχής Κορυτσάς.
Στη Συντακτική Συνέλευση παρέστησαν από μέρους της Προσωρινής Κυβερνήσεως ο Πρόεδρος Γεώργιος Χρηστάκη Ζωγράφος, οι Αργυροκάστρου Βασίλειος και Κονίτσης Σπυρίδων, ο Αλέξανδρος Καραπάνος, ο Δημήτριος Δούλης και ο Γεώργιος Μπούσιος.
Οι συνεδριάσεις άρχισαν στις 23 Ιουνίου 1914, στη μεγάλη αίθουσα του σχολείου του Δελβίνου. Παρόλο που οι συγκρούσεις με τους Αλβανούς είχαν επαναληφθεί σε ορισμένους τομείς και διεξάγονταν με μεγάλη ένταση, το ενδιαφέρον του Ελληνισμού στράφηκε για λίγες μέρες στην μικρή όμορφη πόλη όπου διεξάγονταν οι συζητήσεις για την επικύρωση της συμφωνίας.
Ο Ζωγράφος στην εισήγηση του κάνοντας τον απολογισμό για τα μέχρι τότε αποτελέσματα του Αγώνα των Βορειοηπειρωτών είπε στους αντιπροσώπους μεταξύ άλλων και τα εξής:
« Πρότερον μελαγχολία, απελπισία και απογοήτευσις μάλλον, συνείχε τας καρδίας πάντων των Ηπειρωτών των μερών, άτινα κατεδικάσθησαν υπό των ισχυρών της γης και της ελληνικής κυβερνήσεως καταναγκαζομένης δια λόγους πολιτικούς να καταπνίξει το αίσθημα, όπερ υπαγόρευεν η φιλόστοργος αυτής καρδία όπως υπερασπισθεί την κινδυνεύουσαν εθνικήν των τέκνων αυτής υπόστασιν. Εκινδύνευεν ούτω δια παντός ν’ απωλεσθή ο εθνικός χαρακτήρ του τόπου και μετ’ αυτού η τιμή της Ηπείρου.
Εν τούτοις χάρις εις την αντίληψιν του Υψίστου, εις την ζωηρώς εκδηλωθείσαν εθνικήν αλληλεγγύην και την φιλοπάτριδα ενέργεια των Ηπειρώτων, διεσώθη μετά του εθνισμού και ακεραία η τιμή της Πατρίδος.
Δια μυριοστήν φοράν αποδεικνύεται, ότι η δύναμις των όπλων κανονίζει τα πάντα, αναγκάζουσα τους ισχυρούς να αναγνωρίσωσι τα καταπατούμενα δίκαια των μικρών. Ευρισκόμεθα εις την ευχάριστον θέσιν βλέποντες τον Ελληνισμόν ολόκληρον συμμεριζόμενον τον πόνον και την χαράν μας, χαίροντα δια τους ενδόξους αγώνας της πατρίδος μας και την άτεγκτον και σκληράν ευρωπαϊκήν διπλωματίαν, αναγνωρίζουσαν τα παραγνωρισθέντα εθνικά μας δίκαια.
Προσθέτω, ότι πας κίνδυνος δια την τύχην της Πατρίδος δεν εξέλιπεν εντελώς. Απαιτείται επομένως μεγάλη σκέψις και προσοχή σχετικώς προς τας αποφάσεις τας οποίας θα λάβη η Συνέλευσις, επί της αποδοχής ή μη του Πρωτοκόλλου της Κερκύρας».
Ο Ζωγράφος πρότεινε τη διακοπή των εργασιών μέχρι τις 26 Ιουνίου για να μελετηθεί από τους αντιπροσώπους το κείμενο των διατάξεων του Πρωτοκόλλου της Κέρκυρας. Στις συνεδριάσεις θεωρήθηκε σωστό να πάρουν μέρος αντιπρόσωποι μόνο από τις βόρειες επαρχίες της Ηπείρου και συγκεκριμένα από αυτές που αγωνίζονταν.
Παράλληλα μετά την ανάκτηση της Κορυτσάς από τις δυνάμεις των Αυτονομιακών στις 24 Ιουνίου, οι Αλβανοί επαναστάτες υπό τον Εσάτ Πασά που ήλεγχαν την κεντρική Αλβανία και ήταν σε σύγκρουση με την αναγνωρισμένη διεθνώς κυβέρνηση του Πρίγκηπα Γουλιέλμου Βηδ, ζήτησαν να αρχίσουν συνομιλίες με τους Βορειοηπειρώτες. Ο ενθουσιασμός όμως που είχε καταλάβει τους Αυτονομιακούς εξαιτίας των επιτυχιών τους κατά τις συγκρούσεις, τους εξωθούσε σε απερίσκεπτες και ριψοκίνδυνες ενέργειες. Ορισμένοι Διοικητές περιοχών θεωρούσαν κατάλληλη την περίσταση για την επέκταση της ελεύθερης Β. Ηπείρου στα φυσικά της όρια.
Στις 26 Ιουνίου 1914 επαναλήφθηκαν οι συζητήσεις της Συντακτικής Συνέλευσης στο Δέλβινο για την επικύρωση του Πρωτοκόλλου. Οι συζητήσεις διεξάγονταν κανονικά και ήταν μακρές και έντονες. Οι αντιπρόσωποι που ήδη είχαν μελετήσει το κείμενο με προσοχή, εξέφρασαν τις απόψεις τους πάνω σε όλα τα άρθρα του.
Κατά τη διάρκεια των συζητήσεων η αντίθεση μεταξύ του Ζωγράφου και του Σπυρομήλιου ήταν οξεία γιατί ο Αρχηγός της Χιμάρας θεωρούσε ότι με αυτό το Πρωτόκολλο οι Βορειοηπειρώτες δεν κέρδιζαν τίποτα, παρά τους σκληρούς αγώνες τους. Στο ζήτημα της Χιμάρας μάλιστα, δικαιώματα, προνόμια και ελευθερίες που είχαν αποκτηθεί και κατοχυρωθεί με αγώνες αιώνων, τώρα ήταν θέμα της καλής θελήσεως της Διεθνούς Επιτροπής Ελέγχου και των αποφάσεων των Ολλανδών αξιωματικών που θα οργάνωναν τις δυνάμεις ασφαλείας της περιοχής τους. Ο Σπυρομήλιος μάλιστα υπενθύμισε στους Αντιπροσώπους ότι στην Πανηπειρωτική Συνέλευση στο Αργυρόκαστρο, το Φεβρουάριο, είχαν αποφασίσει «πλήρη Αυτονομία ή πλήρη καταστροφή».
Γενικά όμως, όλοι οι Αντιπρόσωποι κατά τις συνεδριάσεις διαπίστωναν ότι το Πρωτόκολλο της Κέρκυρας δεν εκπλήρωνε τους σκοπούς του Αυτονομιακού Αγώνα. Ήταν όμως η αρχή της αναγνωρίσεως αυτού του Αγώνα και ένα σημαντικό βήμα επιτυχίας, απέναντι στη σκληρή διπλωματία και την αδιάλλακτη στάση των Μ. Δυνάμεων στο θέμα αυτό.
Ο Βενιζέλος ενημερώθηκε για τους ενδοιασμούς των Βορειοηπειρωτών και προειδοποίησε το Ζωγράφο για τις συνέπειες που θα είχε η μη κύρωση της συμφωνίας, τονίζοντας ότι η μόνη αξίωση που θα μπορούσε να προβάλει η Αυτόνομη Πολιτεία θα ήταν να καταλάβει τη χώρα διεθνλης ή ελληνικός στρατός για την ασφάλεια των κατοίκων μέχρι τη συγκρότηση τακτικής αλβανικής δύναμης. Καταλήγοντας ο Έλληνας Πρωθυπουργός προειδοποιούσε ότι σε περίπτωση μη αποδοχής αυτής της πολιτικής η Ελληνική πολιτεία δεν θα είχε την αλληλεγγύη της Ελληνικής Κυβερνήσεως.
Η επιμονή του Βενιζέλου ανάγκασε τελικά όλους τους αντιπροσώπους μετά από πολλές συνεδριάσεις και συζητήσεις να επικυρώσουν το Πρωτόκολλο της Κέρκυρας, εκτός από τους αντιπροσώπους της Χιμάρας που αποχώρησαν ζητωκραυγάζοντας υπέρ της ενώσεως.
Η αποδοχή της Συμφωνίας ανακοινώθηκε στη Διεθνή Επιτροπή Ελέγχου λίγες μέρες αργότερα.
Οι Χιμαριώτες αντιπρόσωποι, με έγγραφο που έστειλαν στη Συντακτική Συνέλευση και με προκήρυξη προς το Πανελλήνιο, διαμαρτυρήθηκαν για την επικύρωση του Πρωτοκόλλου της Κερκύρας.
Η υπογραφή της συμφωνίας και η επικύρωση της, για την περίοδο που επιτεύχθηκαν, θεωρείται ως εξαιρετική επιτυχία. Ο Βορειοηπειρωτικός λαός επέβαλε την υπογραφή της στην αλβανική κυβέρνηση, τη Διεθνή Επιτροπή Ελέγχου και τις Μεγάλες Δυνάμεις, χωρίς καμία υποστήριξη, χάρη στην πίστη του στην ελευθερία, ύστερα από σκληρούς αγώνες και θυσίες.
Η ηγεσία του την επικύρωσε τελικά και απέφυγε έτσι να εμπλέξει σε κινδύνους την Ελληνική Κυβέρνηση, χάρη στο υψηλό αίσθημα ευθύνης και πατριωτισμού, αλλά και μετριοπάθειας και πνεύματος συμφιλιώσεως που επέδειξε.
Δυστυχώς, η μετέπειτα εξέλιξη των γεγονότων δεν επέτρεψε την εφαρμογή της και εκμηδένισε τη σημασία της.
Συγκεκριμένα, όταν μετά τον Α΄ Παγκόσμιο Πόλεμο οι Βορειοηπειρώτες θύμισαν την ύπαρξη του Πρωτοκόλλου της Κερκύρας, οι Μ. Δυνάμεις αρνήθηκαν να δώσουν σημασία σε αυτό γιατί το προγενέστερο Πρωτόκολλο της Φλωρεντίας εξυπηρετούσε καλύτερα τα συμφέροντα τους την εποχή εκείνη.