Μετά από μακρές και δύσκολες συζητήσεις στην Κέρκυρα οι αντιπρόσωποι της Αυτόνομης Πολιτείας και τα μέλη της Διεθνούς Επιτροπής Ελέγχου κατέληξαν στο οριστικό κείμενο των διατάξεων του Πρωτοκόλλου.
Για να έχει όμως το κείμενο αυτό το απαιτούμενο κύρος έπρεπε να γίνει αποδεκτό από την αλβανική κυβέρνηση και τους Βορειοηπειρώτες – γιατί οι αντιπρόσωποι τους Γ. Ζωγράφος και Αλ. Καραπάνος είχαν διατυπώσει κατά την υπογραφή τις επιφυλάξεις τους για τη συγκατάθεση των εντολέων τους - και να επικυρωθεί από τις Μεγάλες Δυνάμεις.
Η Ελληνική Κυβέρνηση που διέβλεπε τους κινδύνους που διαγράφονταν στον ορίζοντα, ανέλαβε έντονη δραστηριότητα για την επικύρωση του Πρωτοκόλλου και επιδίωξε στενότερη επαφή με την προσωρινή Κυβέρνηση της Β. Ηπείρου.
Ο Ελευθέριος Βενιζέλος παρακινούσε επίμονα τον Γεώργιο Χρ. Ζωγράφο να δεχθεί τη συμφωνία και να μην προβάλει μεγαλύτερες αξιώσεις.
Σε τηλεγράφημα του προς τον Ζωγράφο ο Βενιζέλος τονίζει αυτή την ανάγκη:
«...Προ παντώς φρονώ, ότι δέον αξασφαλίσωμεν κτηθέντα, επιτυγχάνοντες επικύρωσιν συμφωνίας Κερκύρας υπό των Δυνάμεων και της Αλβανίας. Όθεν δέον και δια παντός τρόπου αποφύγωμεν επιμένοντες εις όρους μη γενόμενους εν Κερκύρα δεκτούς. Διατί αν Ηπειρώται σήμερον είτε αποκρούσωσι συμφωνηθέντα είτε προβάλωσι μείζονας αξιώσεις, κίνδυνος υπάρχει διακινδυνεύσωμεν κτηθέντα άνευ πιθανότητος ευρύτερων παραχωρήσεων, ιδίως καθ’ ην στιγμήν Δυνάμεις δεν έχουσι το μέσον ουδέ το χρόνον ν’ ασχοληθώσι με νέας διαπραγματεύσεις.
Σήμερον ανάγκη αποφύγωμεν δώσωμεν επιχειρήματα εις Δυνάμειςτυχόν επεμβάσεως. Μεγάλες Δυνάμεις φαίνονται ευνοϊκώς διατιθέμεναι υπέρ επικυρώσεως συμφώνου Κερκύρας...»
Παρά τις επίμονες συστάσεις της Ελληνικής Κυβέρνησης για τη συντομότερη επικύρωση του Πρωτοκόλλου, η προσωρινή Κυβέρνηση της Αυτόνομης Βορείου Ηπείρου αντιδρούσε επειδή στη συμφωνία γινόταν λόγος για δύο μεσημβρινές επαρχίες και όχι για τη Β. Ήπειρο ως ενιαίο ηπειρωτικό χώρο. Γενικά όμως και οι άλλες διατάξεις έκαναν προβληματική την κύρωση της. Ο βασικότερος όμως λόγος ήταν ότι ο Ζωγράφος ήθελε οι Μ. Δυνάμεις όχι μόνον να εγκρίνουν αλλά και να εγγυηθούν την εκτέλεση της συμφωνίας.
Η αποδοχή του Πρωτοκόλλου από την Αλβανία στις 10 Ιουνίου και έπειτα η έγκριση του από τις Μ. Δυνάμεις χαιρετίσθηκαν από επίσημους κύκλους της εποχής ως σημαντική ελληνική επιτυχία.
Η γνωστοποίηση της εγκρίσεως προς την Ελληνική Κυβέρνηση σήμαινε ότι οι Μ. Δυνάμεις αναγνώριζαν στην Ελλάδα τα δικαιώματα που είχε στη Β. Ήπειρο. Ιδιαίτερη σημασία είχε ότι στο έγγραφο γινόταν λόγος για πληρεξουσίους Ηπειρωτών και για το μελλοντικό πολίτευμα της Ηπείρου.
Η ανώμαλη κατάσταση όμως που είχε δημιουργηθεί στην Αλβανία δημιουργούσε ανησυχίες. Ο Ζωγράφος αναγκάσθηκε να διαμαρτυρηθεί στη Διεθνή Επιτροπή Ελέγχου για τις παραβιάσεις της ανακωχής από αλβανικής πλευράς, ενώ και ο ίδιος με δυσκολία συγκρατούσε τις αυτονομιακές δυνάμεις.
Στις 15 Ιουνίου οι αλβανικές δυνάμεις του Κουρβελεσίου επιτέθηκαν αιφνιδιαστικά στη μέση κοιλάδα του Δρίνου (στα βόρεια του Βελίτσα ποταμού) εναντίον των Αυτονομιακών. Ύστερα από σκληρό αγώνα η επίθεση αποκρούσθηκε και μέχρι την επομένη οι Αυτονομιακοί είχαν καταλάβει τις διαβάσεις που οδηγούσαν προς το Κουρβελέσι και το Τεπελένι.
Ο Γ. Ζωγράφος μπροστά στις προοπτικές που διανοίγονταν για μια καλύτερη λύση στο Βορειοηπειρωτικό Ζήτημα αισθανόταν και ο ίδιος την ανάγκη να θεωρήσει ότι μετά τις παρασπονδίες των Αλβανών το Πρωτόκολλο της Κέρκυρας ανήκε στην ιστορία. Η Ελληνική Κυβέρνηση όμως και ιδιαίτερα ο Πρωθυπουργός Ελευθέριος Βενιζέλος αγρυπνούσαν και οι πιέσεις για την επικύρωση του Πρωτοκόλλου έγιναν πιο έντονες.
Η Προσωρινή Κυβέρνηση όμως ήταν αναγκασμένη από τος μέχρι τότε διακηρύξεις της, να συγκαλέσει τους αντιπροσώπους των επαρχιών της Βορείου Ηπείρου για να λάβουν αποφάσεις στο ζήτημα της επικυρώσεως ή όχι του Πρωτοκόλλου της Κέρκυρας. Έτσι έδρα της Συντακτικής Συνελεύσεως ορίστηκε το Δέλβινο όπου προσήλθαν οι αντιπρόσωποι οι οποίοι κατά επαρχία ήταν:
- Χιμάρας: Σπύρος Σπυρομήλιος, Δημ. Λέκκας, Νικόλαος Μήλιος
- Αγίων Σαράντα: Ιωάννης Κουρεμένος
- Δελβίνου: Ευάγγελος Γκιάτης, Ευάγγελος Τρίχας, Παναγιώτης Λέζος
- Αργυροκάστρου: Κυριάκος Κυρίτσης, Γεώργιος Τσέλιος, Χαράλαμπος Κάτσης
- Τεπελενίου: Πέτρος Χαρίτος, Βασίλειος Ντίλιος
- Πρεμετής: Ζαχαρίας Αλεξίου, Χαράλαμπος Δονάτος, Γεώργιος Σύγγελος
- Πωγωνίου: Γεώργιος Γκινόπουλος, Παπασπύρος, Δημητριάδης
- Λεσκοβικίου: Βασίλειος Σωτηριάδης, Ηλίας Οικονόμου Ρούσης
- Ερσέκας: Πέτρος Προντήνης, Δημ. Παπαναστασίου
- Κορυτσάς: Ιωσήφ Αδαμίδης, Κωνσταντίνος Σκενδέρης, Μητροπολίτης Κορυτσάς Γερμανός, Κωνσταντίνος Πολένας και 5 άλλοι αντιπρόσωποι επαρχιών της περιοχής Κορυτσάς.